《玛卡之歌》故事的主要舞台是鸟之王国。在很久之前，陆地上的鸟儿仍是不具备智慧的野兽。小鸟们为了获得理性，前往了天穹上的空岛，将“理智”盗取到陆地上。“理智”的光辉赋予了所有鸟儿智慧，鸟之王国也因此建立。

在游戏开始的时间点，鸟之王国因为“理智”的失窃而日渐衰败。为了寻找到失踪且破碎的“理智碎片”，重铸王国的辉煌，玩家将扮演一只涅槃初生的小鸟，在鸟之王国全境展开一场传奇的冒险。